از شروع تهاجم عراق تا پایان جنگ در یک سو فرماندهی کل قوا، رئیس جمهور، مدیراجرایی مملکت در عراق برعهده یک نفر(صدام) بود و در سوی دیگر در ایران فرماندهی جنگ، ریاست جمهوری و مدیریت اجرایی در حیطه قدرت افراد متفاوتی قرار داشت و هر یک با رای خود عمل می کردند و خبری از هماهنگی و اولویت جنگ نبود و حرف استراتژیک امام خمینی که " جنگ در راس امور است" عینی و اجرایی نمی شد.تشکیل ستاد کل نیروهای مسلح در سال 66 محقق گردید که عناصر کلیدی آن اعتقادی به اندیشه عاشورایی امام نداشتند و عاقبت جنگ را بر وفق اندیشه خود طراحی که امام از آن تعبیر به جام زهر نمودند.